環狀RNA測序

環狀RNA(circRNA)是一類特殊的非編碼RNA分子,也是RNA領域最新的研究熱點。與傳統的線性RNA(linear RNA,含5’和3’末端)不同,circRNA分子呈封閉環狀結構,不受RNA外切酶影響,表達更穩定,不易降解。
一些circRNA富含microRNA(miRNA)反應元件(microRNAresponse element, MRE),可扮演競爭性內源RNA(competingendogenous RNA)角色,可與miRNA結合,在細胞內發揮miRNA海綿的作用,抑制miRNA發揮功能從而調節基因表達水平。環狀RNA還具有時空特異性與進化上的保守性,這些特點顯示circRNA在轉錄水平與轉錄后水平可能發揮著重要作用。

應用領域
腫瘤等疾病致病機理的研究;
生長發育過程中的基因表達調控變化;
其他關心基因轉錄表達調控的研究方向。

技術路線

分析內容
1.  測序評估: 測序質量評估、堿基組成與質量分析、過濾信息統計
2.  環狀RNA鑒定統計 :統計Reads類型 、環狀RNA類型 、環狀RNA分布
3. 來源基因富集分析
4.  表達量計算與差異分析:表達量計算 、樣品比較 、比較組差異表達分析
5.  數據庫注釋與靶向預測:已存在環狀RNA與新預測環狀RNA、環狀RNA與小RNA靶向關系鑒定與預測
6.  circRNAs-miRNAs-mRNAs關聯分析

樣品要求
總RNA:濃度≥100ng/μL,RIN值≥7.5,總量≥15μg

項目周期
標準流程完成時間為55個工作日

參考文獻
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