細菌基因組測序

微生物基因組de novo測序,是一種在無參考基因組的情況下,對微生物基因組序列進行從頭組裝,并結合數據庫對基因組進行注釋,以此為基礎開展相關下游分析的產品。我們采用讀長更長的Pacbio三代測序技術,能夠保證基因組序列組裝的完整性。同時,根據不同的研究目的,我們還提供基因組框架圖,精細圖和完成圖三種研究策略,以滿足客戶的不同需求。隨著測序技術的發展、測序成本的降低,完成某微生物物種的全基因組序列圖譜已成為必然趨勢。一個物種基因組序列圖譜的完成,將帶動該物種一系列后續研究的開展。

應用領域
1、物種分類地方鑒定
2、物種進化分析

技術路線

分析內容
標準信息分析
1. 去除接頭污染和低質量數據
2. 數據產出及質控統計
3. 使用HGAP對測序結果進行序列組裝、組裝結果優化和評價
4. 編碼基因預測
5. 基因功能注釋(KEGG、SwissProt、COG、NR、GO數據庫)
6. 重復序列預測
7. 非編碼RNA(rRNA和tRNA)預測

高級信息分析
1. 蛋白結構域(Pfam)分析
2. 病原與宿主互作數據庫(PHI)注釋
3. 細菌致病菌毒力因子數據庫(VFDB)注釋
4. 耐藥基因數據庫(ARDB)注釋
5. 耐藥基因數據庫(CARD)注釋
6. 碳水化合物相關酶(CAZy)數據庫注釋
7. 前噬菌體預測
8. 分泌蛋白預測
9. CRISPR預測
10. 基因島預測
11. 轉座子預測
12. 次生代謝基因簇預測
13. 基因組圈圖(Circos)繪制

定制化信息分析 (請選擇需要分析內容)
1. 共線性分析(核酸水平線性圖)
2. 共線性分析(氨基酸水平線性圖)
3. 共線性分析(氨基酸水平二維圖)
4. 基因家族分析(2≤reference≤5)
5. sRNA預測
6. 啟動子預測

樣品要求
1)樣品類型: DNA/菌體;
2)樣品需求量:菌體樣本:≥5g; 框架圖基因組DNA:≥2μg;完成圖基因組DNA:≥10μg;
3)樣品濃度:≥30ng/µL;
4)樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解,無污染。

項目周期
一般30個工作日,具體視基因組大小而定。

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