全基因組甲基化測序

Bisulfite(全基因組甲基化測序):利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對基因組進行處理后上機測序。應用領域:測序可精確到單個堿基的甲基化,能得到全基因組的甲基化位點信息,可用于全基因組DNA甲基化圖譜制作;疾病關聯分析;基因調控分析;疾病的甲基化標志物等。

應用領域

全基因組DNA甲基化圖譜構建
基因調控分析

技術路線

分析內容

1. 標準信息分析
  a)   對測序數據進行base calling、raw data 數據整理及數據質量評估;
  b)   去接頭污染,去低質量reads和產量情況統計
  c)   Bisulfite 測序序列與參考基因組序列的比對
  d)   深度和覆蓋度分析
  e)   C 堿基的甲基化水平
  f)   全基因組甲基化水平分布趨勢

 g)  全基因組DNA甲基化圖譜

  h)  差異性甲基化區域(DMR)分析

 2. 高級信息分析
根據具體研究進行的細節分析

樣品要求

樣品類型:DNA 樣品;
樣品需求量:總量≥5μg,濃度≥50ng/μL;
樣品完整性:DNA 無明顯降解,需提供凝膠電泳檢測膠圖。

項目周期

單個樣品標準流程(上圖)的運轉周期約為60個工作日,遇樣品數較多時,項目周期根據項目規模而定。

參考文獻

  1. Ferreira HJ, Heyn H, Moutinho C, Esteller M. CpG island hypermethylation associated silencing of small nucleolar RNAs in human cancer. RNA Biol. 2012 Jun 1;9(6). [Epub ahead of print]
  2. Sako K, Maki Y, Kanai T, Kato E, Maekawa S, Yasuda S, Sato T, Watahiki MK, Yamaguchi J. Arabidopsis RPT2a, 19S Proteasome Subunit, Regulates Gene Silencing via DNA Methylation. PLoS One. 2012;7(5):e37086. Epub 2012 May 16.
  3. Yu M, Hon GC, Szulwach KE, Song CX, Zhang L, Kim A, Li X, Dai Q, Shen Y, Park B, Min JH, Jin P, Ren B, He C. Base-Resolution Analysis of 5-Hydroxymethylcytosine in the Mammalian Genome. Cell. 2012 May 16. [Epub ahead of print]
  4. Otto C, Stadler PF, Hoffmann S. Fast and sensitive mapping of bisulfite-treated sequencing data.Bioinformatics. 2012 May 10. [Epub ahead of print]
  5. Du J, Zhou N, Liu H, Jiang F, Wang Y, Hu C, Qi H, Zhong C, Wang X, Li Z. Arsenic Induces Functional Re-Expression of Estrogen Receptor α by Demethylation of DNA in Estrogen Receptor-Negative Human Breast Cancer. PLoS One. 2012;7(4):e35957. Epub 2012 Apr 27.
  6. Lisanti S, von Zglinicki T, Mathers J. Standardization and quality controls for the methylated DNA immunoprecipitation technique. Epigenetics. 2012 Jun 1;7(6). [Epub ahead of print]
  7. Saied MH, Marzec J, Khalid S, Smith P, Down TA, Rakyan VK, Molloy G, Raghavan M, Debernardi S, Young BD. Genome wide analysis of acute myeloid leukemia reveal leukemia specific methylome and subtype specific hypomethylation of repeats. PLoS One. 2012;7(3):e33213. Epub 2012 Mar 29.
  8. Taiwo O, Wilson GA, Morris T, Seisenberger S, Reik W, Pearce D, Beck S, Butcher LM. Methylome analysis using MeDIP-seq with low DNA concentrations. Nat Protoc. 2012 Mar 8;7(4):617-36. doi: 10.1038/nprot.2012.012.
1千炮捕鱼棋牌游戏厅 1000炮捕鱼机金蟾捕鱼 快乐时时彩b盘开奖 全民欢乐捕鱼 到底有没有北京时时结果 三地彩吧论坛 江西时时历史开奖结果 秒速赛结果 内十一选五 全天pk10连中计划 北京11选5开奖结果手机版 云南11选5直三遗漏 加拿大28必输 怎么下载七星彩和排列五 cmd体育平台有哪些 重庆时时彩现场直播 3d196期历史开奖结果