Small RNA測序

小RNA是指長度在18-30nt的內源性非蛋白質RNA,廣泛存在于高等和低等生物體內,對mRNA的轉錄及轉錄后水平等生命過程起調節作用。

小RNA可歸納成三類:miRNA(微RNA),siRNA(小干擾RNA)和與piRNA(piwi相互作用的RNA)。它們以通過沉默和降解其靶點基因分子的方式控制基因表達,在生物體正常生長發育和疾病發生過程中起著不可忽視的調控作用。新一代測序技術提供一套全新獨特的,適用于各個物種的小RNA深度鑒定與定量分析的研究平臺。通過深度的測序,可以發掘、鑒定并定量出任何物種全基因組水平的小RNA圖譜,推進了對小RNA功能的研究。

應用領域

基因轉錄后調控研究
基因沉默研究
small RNA靶標分析和調控網絡

技術路線

信息分析

1. 標準信息分析
   a)  數據產出統計,對原始測序數據去接頭,去低質量,去污染
   b)  18~30 nt small RNA 的長度分布
   c)  樣品間的公共序列和特異序列的分析
   d)  Small RNA 在選定的參考基因組上的分布(只能選定一個參考基因組)
   e)  Small RNA 與rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比對信息
   f)   Small RNA 與重復序列的比對信息(需提供選定參考基因組對應的重復序列注釋信息)
   g)  Small RNA 與 exon/intron 的比對信息(需提供選定參考基因組對應的基因注釋信息)
   h)  Small RNA 與 miRBase 中指定范圍的已知的 miRNA 的比對
   i)   按照優先級將 small RNA 進行分類注釋
   j)   利用Mireap 對沒有注釋的small RNA 進行預測,預測新的 miRNA,繪制新的miRNA 的二級結構圖
   k)  已知miRNA 的表達量統計
   l)   已知miRNA 的家族分析(需要提供參考物種拉丁文名稱)

2. 高級信息分析
   a)  樣品間miRNA 差異分析(2個或2個以上樣品)和聚類分析(3個或3個以上樣品)
   b)  MiRNA 靶基因預測(需要提供基因編碼序列)
   c)  MiRNA靶基因GO注釋和KEGG通路分析
   d)  MiRNA 的堿基編輯分析(已知miRNA)
根據客戶需求,協商確定分析內容

樣品要求

樣品類型:完整且無污染的總RNA
樣品需求量:≥10 μg。樣品濃度:≥200 ng/μl 
樣品純度:植物RIN≥7.5,28s/18s≥1.3;動物RIN≥8.0,28 S/18 S≥1.5
血清/血漿RNA或免疫共沉淀RNA等特殊樣品,請提供濃度≥1 ng/μl、總量≥50 ng的樣品(至少需要5 ml血清)。要求蛋白等雜質污染較少,不影響正常PAGE分離
Small RNA(<200nt)樣品濃度≥20ng/μl、總量≥1μg。

項目周期

標準流程的運轉周期約為45個工作日

參考文獻

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