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出處及樣品關系

高通量測序樣品:一個樣品,由五個時期南瓜葉、莖、芽尖混合得到。(高通量測序為了得到南瓜轉錄組及開發SSR標記)
qPCR樣品:二個樣品,光周期敏感(PPS)與不敏感(PPIS)的南瓜中的8個與光周期有關的基因(與擬南芥中相關基因同源)
南瓜是短日照植物,光周期基因相關研究有助于廣泛栽種與按時收獲

研究思路

南瓜轉錄組分析

對南瓜樣品進行轉錄組測序,對測序結果進行組裝和數據庫注釋。

重要基因的qPCR分析

組裝結果與12個擬南芥中已報道的光周期基因進行同源性比較,找出與8個擬南芥中與光周期相關基因同源的Unigenes;
對光周期敏感的南瓜和不敏感的南瓜分別進行qPCR分析(上圖)。


SSR找尋及驗證
從轉錄組組裝結果中使用MISA軟件共得到7814個SSR,相關序列有6868條。從其中隨機選擇了57個SSR的引物,對12個品種的南瓜進行了PCR分析。其中35個引物的結果出現了多態性,14個引物的結果無多態性,8個引物無清晰條帶。


 

進化樹分析
利用35個多態性標記,找出各品系的南瓜間差異的SSR,并計算進化距離,繪制進化樹(均使用Mega程序),可以看到12個南瓜品系分為了2類。

 總結

究得到了南瓜的轉錄組;
對光周期敏感的南瓜與非光周期敏感的南瓜在光周期基因上的表達差異進行了研究;
開發并驗證了在12個南瓜品系中存在多態性的SSR標記,以之進行了進化樹分析,得到了南瓜品系間的相關關系。

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